曾用刊名：《安徽工学院学报》并入
《合肥工业大学学报》（自然科学版）（月刊）创刊于1956年，是由教育部主管、合肥工业大学主办的综合性学术期刊，主要刊登仪器仪表工程、机械与汽车工程、材料科学与工程、电气与自动化工程、计算机与信息工程、土木建筑工程、资源与环境工程、建筑与艺术、化学工程、管理、生物与食品工程、应用数学、应用物理、工程力学等学科的最新研究成果、学术论文、学术讨论及专题综述等，本刊主要面向高校师生、科研人员及广大科技工作者。自科版学报创刊于1956年，2004起改为月刊，逢每月28日出版，每期7个印张。
近年来，自然科学版学报连续荣获安徽省高校优秀学报、安徽省优秀期刊、华东地区优秀期刊和全国高校优秀学报称号。2001年进入 《中国期刊方阵》双效期刊行列。该刊是 《中国科学引文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊和《万方数据--数字化期刊群》、《中国期刊网》 及《中国学术期刊（光盘版）》全文收录期刊。